En 1559 Malinas se convierte en archidiócesis, posteriormente renombrada como archidiócesis de Malinas-Bruselas. En esta época los enfrentamientos debidos a la Reforma y a la Contrarreforma hacen que la ciudad sufra el conocido como Saqueo de Malinas, primero en 1572 por tropas españolas y después por inglesas en 1580, lo que provoca que gran cantidad de monasterios y el Gran Beguinaje se trasladen al interior del recinto amurallado.

El siglo XVII es un periodo de calma y prosperidad económica y cultural. A finales de siglo un suceso dio un nuevo apodo a los habitantes de la ciudad. En la noche del 27 al 28 de enero de 1687 un vecino dio la alarma de que había fuego en lo alto de la torre de San Rumoldo, por lo que los vecinos, cargados con cubos, subieron rápidamente las escaleras para descubrir que no era más que un reflejo rojizo de la luna. La leyenda local añade que el alcalde, abochornado, dio orden de ocultar el asunto, pero la anécdota se extendió y se hizo tan popular que desde entonces se conoce a los habitantes de la ciudad por la singular hazaña de intentar apagar la luna, pasando a ser conocidos como maneblussers, que podría traducirse como los apagalunas.

Tras el Tratado de Utrecht de 1713, Malinas, junto con el resto de los Países Bajos del sur, pasa a ser gobernada por los Habsburgo austríacos. Durante la segunda mitad del siglo, la ciudad sufre un cierto declive provocado por la falta de ingresos de las tasas de navegación por el rio Dijle, que ocasiona la creación del canal de Lovaina-Dijle y por la supresión de ciertas órdenes religiosas que realiza José II, entre las que estaban la de los Jesuitas, quienes desde el siglo XVI habían contribuido al desarrollo cultural de la ciudad.