Entre 1794 y 1815 tiene lugar la ocupación francesa, pero también la expansión de las ideas revolucionarias, que traen consigo una serie de reformas políticas y urbanísticas que promueven la industrialización de la ciudad. Entre estas medidas está la derogación del Señorío de Malinas, convirtiéndose en una ciudad más. Tras la derrota de Napoleón, los Países Bajos del sur ya no vuelven a los Habsburgo, sino que se produce una reunificación de los Países Bajos bajo Gillermo I, la ciudad prospera económicamente, aunque las tensiones, principalmente religiosas, provocan la escisión en 1830 del reino de Bélgica.

En 1835, se crea entre Bruselas y Malinas la primera línea de ferrocarril del continente europeo. Durante años será Malinas el punto central de la red de ferrocarriles Belgas y sede del taller central ferroviario, contribuyendo esto al desarrollo industrial.

Durante las guerras mundiales, la ciudad sufre bastantes daños. Posteriormente, muchos monumentos son reconstruidos, no así el reloj de la torre de la catedral, cuya ausencia sigue recordando a los malineses las heridas de la guerra.