La nieta de Luis I, Margarita III de Flandes, se casa con Felipe de Valois, Duque de Borgoña y cuando el nieto de ésta, Felipe el Bueno, acaba unificando los territorios en lo que se conocerá como las diecisiete provincias, Malinas pasa a formar parte del Ducado de Borgoña.

El hijo de Felipe el Bueno, Carlos el Temerario, decide dirigir de una forma moderna y centralizada el territorio. Debido a su situación céntrica y a su tradición de autonomía judicial, elige Malinas para fundar la Cámara Central de Cuentas y el Parlamento de Malinas (Tribunal Supremo) en 1473, dos importantes instituciones de gobierno que fueron clausuradas cuando, tras su fallecimiento en 1477, lo sucede su hija María de Borgoña.

La viuda de Carlos el Temerario, Margarita de York, decide trasladarse a Malinas, donde establece una corte de gran actividad cultural y científica, promueve las relaciones con Inglaterra, apoya la naciente imprenta y se encarga de la educación de sus nietos Felipe (el Hermoso) y Margarita.

En Malinas permanecerán también los hijos de Felipe el Hermoso y Juana I de Castilla cuando, en 1504, ésta se convierte en Reina de Castilla, encomendándose su educación a Margarita de Austria, la hermana de Felipe.

En 1504, Felipe IV de Borgoña (Felipe el Hermoso) vuelve a erigir el Tribunal Supremo de Malinas, convirtiéndose Malinas en sede de la corte del estado borgoñón. El apogeo de la corte malinense se dará poco después cuando Margarita de Austria es nombrada gobernadora, primero del Ducado de Borgoña y luego de los Países Bajos.

Tras fallecer Felipe IV de Borgoña (Felipe el Hermoso) en 1506, su hijo Carlos hereda con seis años el Ducado de Borgoña, bajo la regencia de su abuelo Maximiliano I de Habsburgo, quien prefiere nombrar a Margarita de Austria gobernadora hasta que, en 1515, es declarado mayor de edad, convirtiéndose en Carlos II de Borgoña y Carlos III de Flandes. Tras la muerte de Fernando el Católico en 1516, pasa a ser también Carlos I de Castilla y de Aragón, por lo que Carlos nombra gobernadora de los Países Bajos a su tía Margarita.

En 1530 fallece Margarita de Austria y el emperador Carlos V nombra gobernadora a María de Hungría, su hermana, quien traslada la corte a Bruselas.